La sede del Ateneo de Málaga forma parte del inmueble del Colegio Jesuita de San Sebastián cuya construcción se inicia entre 1588 y 1590. 

La compañía de Jesús lo promovió como colegio noviciado dedicado a San Sebastián y tras la expulsión de los jesuitas en el siglo XVIII el edificio fue dividido en espacios independientes además de la iglesia albergando numerosas instituciones. Una de las etapas más interesantes del complejo arquitectónico fué durante el tiempo en que lo ocuparon la Academia de Bellas Artes (1850-1960) y la Escuela de Bellas Artes de San Telmo, actual EASD San Telmo, que estuvo impartiendo sus enseñanzas allí hasta 1985. Desde el año 2000 una parte del edificio está ocupado por el Ateneo de Málaga.

Entre 1881 y 1891 José Ruiz Blasco, padre de Picasso, desempeñó labores de sustituto y ayudante de la cátedra de Dibujo lineal y adorno en el aula hoy conocida “Aula Picasso”. La Escuela, por lo tanto, no sólo fue uno de los lugares que formó parte de la infancia de Picasso, sino que fue el lugar donde tuvo su primer encuentro con el arte.